Avec un potentiel de 5000 doctorants inscrits dans 17 écoles doctorales, et avec plus de 800 docteurs par an qui soutiennent une thèse de l'Université de Lyon dans tous les domaines (sciences exates, sciences expérimentales, sciences de la vie et de la santé, sciences humaines et sociales), le pôle Lyon-Saint-Etienne est un site majeur du doctorat en France.