L'ENS de Lyon forme par et pour la recherche des étudiants motivés, qui ont le désir d'apprendre. Elle regroupe toutes les disciplines en dehors du droit et de la médecine.
À l'École, la formation obéit à trois règles : la promotion d'approches multidisciplinaires, le suivi individualisé des parcours adaptés aux projets des étudiants, la nécessité de respecter le temps long de la recherche.
Cette formation est étroitement associée à une recherche fondamentale, reconnue en France comme à l'international.